2004年2月,菲日開始就雙邊自貿協定舉行談判;5月,菲貿工部與日咨詢科技部發表關于加強兩國信息產業聯系的聯合聲明;7月,日本外相川口順子赴菲出席阿羅約總統就職儀式。
2004年日本對菲直接投資達253.8億比索,比上年增長187%。
【同東盟國家的關系】 菲律賓重視發展同東盟其他國家的關系,將其列為菲對外政策的優先考慮。菲積極參與、推動和促進東盟內部的各項合作及經濟一體化進程。菲律賓同馬來西亞之間存在著沙巴領土爭端,雙方均表示愿通過友好協商解決。馬來西亞積極斡旋菲政府與摩伊解之間的和談。
2004年1月,馬來西亞總理巴達維訪菲;同月,菲與文萊舉行雙邊合作聯席會議;5月,菲外長阿爾伯特赴馬來西亞出席不結盟運動巴勒斯坦委員會部長級會議并順訪馬來西亞;同月,新加坡旅游署在馬尼拉正式開設地區辦事處;7月,菲律賓與馬來西亞在馬尼拉舉行雙邊合作聯席會議;10月,菲律賓與印尼相關機構簽署兩國互換信息、取締洗錢行為的諒解備忘錄;11月,阿羅約總統赴老撾出席第十屆東盟領導人峰會;12月,新加坡總理李顯龍訪菲。
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